La 2ème saison commence avec une visite des filles au hasard dans l'ancienne boutique de Maguie grigri . Comme par magie, la clé du Witch World se trouve sur la porte qui mène à celui-ci et les filles s'empressent d'y aller, sous prétexte que Majorika a oublié son sèche-cheveux ! En se baladant dans les chemins du Monde, elles trouvent un trou dans des buissons et s'y engouffrent, c'est là qu'elles assistent à la naissance de Flora Ce bébé sera plus tard une sorcière extrèmement puissante (on peut comprendre que c'est sûrement la fille de la Reine), et il faut qu'elle soit élevée et gardée en sécurité. Après quelques péripéties, les filles obtiennent donc sa garde dans le Monde réel, aidées bien sûr de Maguie grigri et de Lala. Grâce à cela, elles peuvent redevenir des sorcières. Elles ont un nouveau costume, avec ou sans col (le col sert lors des cérémonies officielles). Elles doivent donc élever la petite Flora pendant un an et, pour cela la boutique, à l'origine d'objets magiques, est transformée en magasin de fleurs en tous genres pour que Flora soit dans les meilleures conditions possibles.
Bien sûr, au début les filles ont beaucoup de mal à s'occuper du bébé. Elles ne savent pas bien la changer, elles ne savent pas non plus quand son lait est bon ou trop chaud, et évidemment, DoReMi est la pire de toutes ! Mais au fil du temps les filles deviennent de véritables mamans pour Hana, sans oublier Majorika et Lala qui passent leurs nuits sans dormir à cause de la petite !
Face à cela, il y a les "méchants", sous entendu les sorciers ( Un groupe nommés le FLA T. Ils ne sont pas contents à cause de leur tout petit territoire et veulent se venger en attrapant Flora. Les filles tenteront le tout pour le tout pour sauver la petite Flora , la reine offres aux filles d enouveaux costumes ( apprentie royal...)